RAPD and ISSR polymorphisms in selected genotypes of Lycium sp.
Ładowanie...
Data
2023
Tytuł czasopisma
ISSN czasopisma
Tytuł tomu
Wydawca
Wydawnictwo Uczelniane Zachodniopomorskiego Uniwersytetu Technologicznego w Szczecinie
Abstrakt
Due to the high value and economic importance of the plant Lycium (goji), its genome has been intensively studied in multidisciplinary research. In the present study, the structure and genetic relationships of 14 selected Lycium genotypes from different origins are presented. By using 18 random amplified polymorphic DNA (RAPD) decamers and 15 inter-simple sequence repeat (ISSR) primers, 200 and 183 loci were amplified, respectively. Among the amplified loci, 45.5–49.2% were polymorphic, and 6.5–7.6% were genotype-specific. Cluster and STRUCTURE analyses performed for RAPD and ISSR revealed the genetic relationships among the genotypes. The highly significant and positive value of the Mantel’s correlation coefficient calculated for the Jaccard similarity matrices of RAPD and ISSR confirmed the suitability of using both these methods separately in this type of study. The significant values of FST statistics obtained in AMOVA for ‘among’ and ‘within’ group analysis confirmed the diversity of genotypes not only between the designated groups but also within them. This diversity provides opportunities to select interesting genotypes and conduct further studies on identifying markers for marker-assisted selection
Ze względu na wartość i znaczenie gospodarcze genom Lycium jest obiektem multidyscyplinarnych badań. W niniejszej pracy przedstawiono strukturę i relacje genetyczne między 14 wybranymi obiektami goji o różnym pochodzeniu. Używając 18 dekamerów RAPD oraz 15 starterów ISSR, amplifikowano odpowiednio 200 i 183 loci. Wśród amplifikowanych 45,5–49,2% loci opisano jako polimorficzne, 6,5–7,6% jako genotypowo specyficzne. W analizach klastrowych i STRUCTURE przeprowadzonych dla RAPD i ISSR opisano relacje genetyczne między genotypami Lycium sp. Wysoce istotna i dodatnia wartość współczynnika r obliczonego testem Mantela dla macierzy podobieństwa Jaccarda RAPD oraz ISSR potwierdziła przydatność każdej metody z osobna do wykorzystania w tego typu badaniach. Otrzymane w AMOVA istotne wartości statystyk FST dla „pomiędzy” i „wewnątrz” grup potwierdziły zróżnicowanie genotypów nie tylko między wyznaczonymi grupami, ale szczególnie w ich obrębie. Zróżnicowanie to umożliwia wybór ciekawych genotypów, a także prowadzenie prac nad identyfikacją markerów dla selekcji wspomaganej markerami.
Ze względu na wartość i znaczenie gospodarcze genom Lycium jest obiektem multidyscyplinarnych badań. W niniejszej pracy przedstawiono strukturę i relacje genetyczne między 14 wybranymi obiektami goji o różnym pochodzeniu. Używając 18 dekamerów RAPD oraz 15 starterów ISSR, amplifikowano odpowiednio 200 i 183 loci. Wśród amplifikowanych 45,5–49,2% loci opisano jako polimorficzne, 6,5–7,6% jako genotypowo specyficzne. W analizach klastrowych i STRUCTURE przeprowadzonych dla RAPD i ISSR opisano relacje genetyczne między genotypami Lycium sp. Wysoce istotna i dodatnia wartość współczynnika r obliczonego testem Mantela dla macierzy podobieństwa Jaccarda RAPD oraz ISSR potwierdziła przydatność każdej metody z osobna do wykorzystania w tego typu badaniach. Otrzymane w AMOVA istotne wartości statystyk FST dla „pomiędzy” i „wewnątrz” grup potwierdziły zróżnicowanie genotypów nie tylko między wyznaczonymi grupami, ale szczególnie w ich obrębie. Zróżnicowanie to umożliwia wybór ciekawych genotypów, a także prowadzenie prac nad identyfikacją markerów dla selekcji wspomaganej markerami.
Opis
Słowa kluczowe
Lycium sp. L., diversity, RAPD, ISSR, STRUCTURE, MDS, PCoA, Lycium sp. L., różnorodność, RAPD, ISSR, STRUCTURE, MDS, PCoA
Cytowanie
Smolik M., Gierszewska P., Jary-Nowak M. (2023) RAPD and ISSR polymorphisms in selected genotypes of Lycium sp., Folia Pomer. Univ. Technol. Stetin., Agric,. Aliment., Pisc., Zootech., 366(65)1, 84-96. doi 10.21005/AAPZ2023.65.1.7